Anos difíceis(2002-2005)

Jackson teve seu terceiro filho, Prince Michael Jackson II (Blanket) em 2002. A mãe da criança se mantém anônima, Jackson revelou que a criança era resultado de inseminação artificial. Em novembro do mesmo ano, durante sua estadia em Berlim, Jackson apareceu na janela da varanda do quarto de hotel com seu filho recém-nascido. O cantor surpreendeu a todos quando pôs seu filho com um pano no rosto para fora da janela durante 3 segundos. Supostamente, ele fizera isto para mostrar seu filho aos fãs que se encontravam à entrada do hotel, que teriam pedido que ele o mostrasse.[17] Este ato provocou severas críticas.


Em 2003 a Sony lançou a coletânea Number Ones que vendeu 10 milhões no mundo todo. No mesmo ano foi exibido o documentário Living with Michael Jackson, que mostrava o dia-a-dia do cantor. O documentário mostrou a vida de Jackson, a sua infância difícil, seus 3 filhos, a sua casa e o seu isolamento em seu mundo particular. O documentário causou repercussão negativa para Jackson na mídia, graças às declarações do cantor durante as entrevistas concedidas ao jornalista Martin Bashir, levando inclusive a segunda acusação em 2003. Alguns críticos disseram que o documentário foi mais prejudicial a imagem do cantor do que a acusação de 1993.

Ainda em 2003, acusado de abuso sexual de menor por Gavin Arvizo, Jackson negou tal alegação. Elizabeth Taylor defendeu o cantor em um programa de televisão dizendo que ela tinha estado lá, quando Gavin se encontrava na casa do cantor, assistindo televisão. "Não houve nada de anormal. Nós rimos como crianças, assistimos um monte de filmes da Disney. Não houve nada de estranho, nem de inapropriado ." Durante a investigação, o perfil de Jackson foi examinado por um profissional da saúde mental chamado Dr. Stan Katz; o médico passou várias horas com o acusador também. A avaliação feita por Katz, dizia que Jackson tinha a idade mental de um garoto de 10 anos e não se encaixava no perfil de um pedófilo.

O julgamento durou cinco meses, até o final de maio de 2005. Durante o julgamento, o cantor novamente sofreu de estresse e grave perda de peso, que viria alterar sua aparência. Em junho, Jackson foi absolvido de todas as acusações, por falta de provas. Depois do julgamento Michael abandonou Neverland e se mudou para o Bahrain. O cantor disse que apesar de amar Neverland, ela tinha trazido coisas ruins (como as acusações) para sua vida e que nunca mais andaria com crianças novamente.

Outra coletânea foi lançada em 2004, The Ultimate Collection, uma caixa com quatro CDs e um DVD. Em março de 2006, a Sony Music lançou nova coletânea, o álbum duplo The Essential Michael Jackson.